質問: Reviewerが修正前のManuscriptをみて同じ質問を繰り返してきた

あなたの見立ては正しいように思われますが、査読者側のミスなのかどうか、念のためによく検討しましょう。査読者は何らかの理由で修正箇所に気付けなかったのかもしれませんし、新しいコメントシートを送るときに手違いがあったのかもしれません。

それでも査読者が修正原稿を見ていないと思えるなら、編集者に相談してみても問題ありません。もちろん、査読コメントに返答したときと同じように、丁寧な姿勢で問い合わせましょう。

対応については、編集者に判断を委ねましょう。修正原稿と査読コメントへの返答を見るようその査読者に伝えるかもしれませんし、別の査読者にレビューを依頼するかもしれません。編集者は通常、査読者と研究者の仲立ちをしてくれるものです。

丁寧なメールの書き方については、こちらのハンドブックで紹介されているテンプレートが参考になります: A practical handbook of templates for communicating with the journal

（注: このハンドブックは、エディテージの姉妹ブランドであるR Upskillが提供しています。R Upskillは、論文の執筆・査読への対応・倫理関連の事柄など、研究者にとって役立つさまざまな学習プログラムをご用意しています。ぜひ一度チェックしてみてください。）

円満に解決して出版プロセスが前進することを願っています！