質問: 別のジャーナルに投稿しても、同じ査読者が査読をすることになりますか？

同じ査読者があなたの論文を査読している可能性はあります。特定のテーマの論文は、特定の査読者数名が査読することが多いので、2番目のジャーナルでも、あなたの論文は同じ査読者に送られたのかもしれません。しかし、必ずしもあなたの論文が同じ査読者に回されたとも言えません。とても重要な質問であれば、別の査読者も同じ質問をする可能性が高いからです。

あるジャーナルで論文がリジェクトされてしまっても、別のジャーナルに投稿する前に、査読コメントに丁寧に目を通し、提案に沿って修正を済ませるべきです。最初の査読者が質問をしていたなら、その質問に対応して論文を修正してから、次のジャーナルに投稿すべきでした。

でも、望みを捨てる必要はありません。査読者の質問にきちんと回答し、その他のコメントにも漏れなく答え、全ての査読コメントにしっかり対処すれば、あなたの論文は受理されるはずです。

こちらの記事もご覧ください。
査読コメントへの答え方
査読コメントへの返答でやっていいこと、ダメなこと