質問: 出版済みの論文の誤りを訂正できますか？

おっしゃるとおり、誤りは読者の誤解を招きかねませんので、ジャーナルに報告するのがベストです。ジャーナルに手紙を書いて、何が誤っているのか、それをどう修正したいのか、その誤りが論文全体にどう影響を与えるのかを説明しましょう。それにより、ジャーナル側では次回の版にて注釈やコメント、訂正文を加えたり、オンライン上でアップデートしたりといった対応をするでしょう。

誤りの修正が、今後の論文発表に影響を与えるということはないはずです。実際、あなたは誤りを指摘し、修正することで、自分の研究に対する学問的誠実さと責任を明らかにしています。間違いは起こるものですし、それを正す方法もあるのです。たとえばPLOSのように、出版された論文に対して著者や読者がコメントや訂正文を投稿できるジャーナルも存在します。