質問: 方法のセクションが似ていて、材料と応用が異なる2本の論文を投稿しても問題ないですか？

2本の論文で「方法」が似ていても、研究の内容と焦点がまったく違っていれば、倫理的に問題はありません。ただし2つめの論文は、あらゆる点―リテラチャーレビュー、結果、考察、結論―において、1つめの論文と違っていなければなりません。

あるいは、2つめの論文を、最初の論文の続きとして書く方法も考えられます。2本の論文を、同じシリーズを2部に分けたものとするのです。連続する論文として、同じ方法を違う形で使ったために異なる結果が出たということを示すことができます。どちらの方法で書くにせよ、方法のセクションに、同じ方法を過去の論文で使用したことを述べ、最初の論文の出典を明記する必要があります。

ただ、なぜ2本の論文のアブストラクトが似てしまうのかがよく分かりません。基本的にアブストラクトとは、論文の重要な要点を強調して要約したものです。材料、応用、結果が異なるなら、重要な要点も異なるのではないでしょうか。

2本の論文がまったく別のものでなければならないことを、くれぐれも忘れないようにしてください。2本の論文の焦点や書き方の違いが曖昧だと、二重投稿あるいはサラミ論文とみなされる可能性があるので、十分な注意が必要です。もし2本の論文が酷似していて、内容にも重複があるなら、2つめの論文は出版しないか、または連続した論文の後編もしくはフォローアップ研究として投稿するとよいでしょう。投稿前に、編集者に問い合わせてみてもよいと思います。論文の短い要約を用意して、前の論文の続編として出版が可能かどうか、尋ねてみましょう。