質問: Author manuscript として公開されている論文を引用してもよいものしょうか

"Author manuscript"が具体的にどのような文書であるのか分かりませんが、アクセプト済みの論文、もしくはプレプリントサーバーで公開された初期段階の原稿と考えてお答えします。たいていのジャーナルではプレプリントからの引用を認めていますが、プレプリントは査読を受けたものではないので、ジャーナル論文が持つ信頼性を欠いていることは念頭に置いておきましょう。すでにジャーナルで出版されている論文ならば、初期段階の原稿に言及するよりも、出版済みのものを引用した方がよいでしょう。

どうしてもプレプリントを引用したい場合は、特定の方法にのっとって行いましょう。米国立衛生研究所(NIH)は、DOIと文書の状態(アクセプト済み論文なのかプレプリントなのか)を明記することを推奨しています。また、文書のバージョン情報(最終更新日など)や最終アクセス日も記載しましょう。ただ、繰り返しになりますが、最終版が査読を経たジャーナル論文として出版済みであるならば、旧版を引用することはお勧めしません。

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校正いただいた論文を投稿しましたが、エディターから来たメールについて教えてください。